המקלט  הוא  חלק ממערכת  החדרים  של  הבניין   ושימושו  הוא   בזמן חירום  ואז  הוא משמש  למגורים  משום סיבה   זו  הוא  חייב  במזוזה.  

לגבי  פטור ממזוזה   בבית  עראי   (יומא  יא    ע"א)  מצינו  שני  נימוקים  הברכי  יוסף  (יו"ד   רפו  ס"ק   ג)   ביאר  שהטעם  כיוון שזה נועד לתקופת מגורים  קצרה ביותר  ולכן  אין  שם  חיוב  מזוזה. לפי  זה  אם מדובר  בבתי מלון  או בתי  הבראה  שדרים  שם לתקופה  קצרה ביותר  אין  אותו  מקום חייב  במזוזה.

מאידך    (ערוך השולחן  יו"ד  רפו  כז)  יש   הסוברים  שהטעם  של  פטור  דירת  עראי  כיוון   שהבית  עצמו  הבניייה  שלו  עראית,   אבל  אם מדובר בבנייה  קבועה  על    ידי  בטון וכו'  גם  אם  גרים  שם לתקופה  קצרה,   הרי  שיש  על  המקום חיוב מזוזה. לכן  בבתי  מלון   לפי טעם זה חייבים במזוזה. 

כיוון  שהשימוש  במקלט   הוא  שימוש  תדירי  אם חלילה  צריך  לכך, ולכן  משני נימוקים אלו  יש לחייבו  במזוזה. אי  אפשר לומר   שהמקלט  דומה למשרדים ובתי חרושת  שיש פוטרים ממזוזה   כיוון שמשתמשים  בהם רק ביום  ולא בלילה, כיון שבמקלט  השימוש  אם צריך הוא  בין  ביום  ובין בלילה  (שו"ת רב  פעלים ח"ב לו).  ומטעם  זה  של  שימוש   רק  ביום פטרו חנויות ממזוזה (יו"ד  שפו   י:  "חנויות  שבשווקים  פטורים"). אבל  כאמור   גם לגבי  חנויות  בזמן  הזה   הדין   השתנה  למרות  שהם משמשים  רק לאוצר ולאיכסון  ומחייבים  בהם  במזוזה. וכך פסק  השדי חמד   (כללים מערכת מ"ם   כלל קכד  בשם  שו"ת חמדת  שאול  יו"ד  לז) וכן  פסק  הפרישה   רפו  ס"ק   כב  "ונראה  שבזמן  הזה      אלו  חדרים  הנקראים  קנטינין חייבים  במזוזה".   והרע"א   והבית  הלל  הביאו   דברי  הפרישה  להלכה, לכן  יש  לחייב  את  המקלט  במזוזה.